COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-08 17:00:00 15.464881 31.109649 30.492049
2021-01-07 17:00:00 33.730790 33.730790 30.497586
2021-01-06 17:00:00 26.850592 26.850592 30.235853
2021-01-05 17:00:00 28.210302 28.210302 29.918201
2021-01-04 17:00:00 30.493831 30.493831 29.768607
2021-01-03 17:00:00 32.148499 32.148499 29.913108
2021-01-02 17:00:00 38.852583 30.531819 29.895089

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-08 17:00:00 25.196850 25.196850 27.598324
2021-01-07 17:00:00 30.411687 30.411687 28.417896
2021-01-06 17:00:00 25.172414 25.172414 28.256895
2021-01-05 17:00:00 25.448029 25.448029 28.182017
2021-01-04 17:00:00 28.470588 28.470588 28.075825
2021-01-03 17:00:00 24.909747 24.909747 28.063642
2021-01-02 17:00:00 24.468085 24.468085 28.033699

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-08 17:00:00 0.274552 43.550624 30.862423
2021-01-07 17:00:00 18.787879 18.787879 29.609610
2021-01-06 17:00:00 24.676851 47.511312 28.450642
2021-01-05 17:00:00 14.322251 14.322251 27.899286
2021-01-04 17:00:00 21.578947 21.578947 27.447155
2021-01-03 17:00:00 25.471698 25.471698 26.991091
2021-01-02 17:00:00 39.000000 39.000000 26.709640

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-08 17:00:00 15.314927 15.314927 14.446681
2021-01-07 17:00:00 20.663995 20.663995 14.879181
2021-01-06 17:00:00 13.611491 13.611491 14.364538
2021-01-05 17:00:00 7.528711 7.528711 13.847149
2021-01-04 17:00:00 15.272979 15.272979 13.739940
2021-01-03 17:00:00 10.630758 10.630758 13.775557
2021-01-02 17:00:00 20.348837 20.348837 13.775930

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-08 17:00:00 20.949542 20.949542 18.876762
2021-01-07 17:00:00 16.202064 16.202064 19.799622
2021-01-06 17:00:00 9.308348 24.414656 19.272601
2021-01-05 17:00:00 16.408300 16.408300 19.449000
2021-01-04 17:00:00 18.844601 18.844601 19.549226
2021-01-03 17:00:00 14.671723 14.671723 19.739886
2021-01-02 17:00:00 19.959267 19.959267 19.964401

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-08 17:00:00 52.953476 52.953476 45.680767
2021-01-07 17:00:00 53.725585 53.725585 45.008607
2021-01-06 17:00:00 26.657645 26.657645 44.119715
2021-01-05 17:00:00 42.869342 42.869342 43.119286
2021-01-04 17:00:00 55.690915 55.690915 42.388559
2021-01-03 17:00:00 34.921245 34.921245 41.318221
2021-01-02 17:00:00 77.112543 77.112543 40.944314

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-08 17:00:00 43.565038 43.565038 40.470256
2021-01-07 17:00:00 37.444196 37.444196 40.279692
2021-01-06 17:00:00 43.193158 43.193158 40.923737
2021-01-05 17:00:00 40.952381 40.952381 40.505576
2021-01-04 17:00:00 38.865837 38.865837 40.338432
2021-01-03 17:00:00 30.349014 30.349014 40.281839
2021-01-02 17:00:00 46.262887 46.262887 40.146100

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-08 17:00:00 33.950747 33.950747 29.853595
2021-01-07 17:00:00 29.798995 29.798995 29.645601
2021-01-06 17:00:00 31.651159 31.651159 29.362227
2021-01-05 17:00:00 25.320371 25.320371 28.852909
2021-01-04 17:00:00 32.355081 32.355081 28.369361
2021-01-03 17:00:00 27.946800 27.946800 28.037825
2021-01-02 17:00:00 31.843157 31.843157 27.733138

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-08 17:00:00 27.932961 27.932961 31.550923
2021-01-07 17:00:00 37.051040 37.051040 32.451519
2021-01-06 17:00:00 28.515625 28.515625 33.378551
2021-01-05 17:00:00 29.618768 29.618768 33.724604
2021-01-04 17:00:00 31.240429 31.240429 33.936275
2021-01-03 17:00:00 31.936416 31.936416 34.136251
2021-01-02 17:00:00 49.271845 49.271845 33.006799

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-08 17:00:00 30.619248 30.619248 33.028840
2021-01-07 17:00:00 37.210848 37.210848 33.434897
2021-01-06 17:00:00 33.420129 33.420129 33.017601
2021-01-05 17:00:00 29.017567 29.017567 32.674947
2021-01-04 17:00:00 28.491251 28.491251 32.476330
2021-01-03 17:00:00 32.770853 32.770853 32.206773
2021-01-02 17:00:00 33.524629 33.524629 31.795163

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-08 17:00:00 14.722005 14.722005 16.741155
2021-01-07 17:00:00 15.813528 15.813528 17.098974
2021-01-06 17:00:00 17.021764 17.021764 17.323713
2021-01-05 17:00:00 14.100985 14.100985 17.606831
2021-01-04 17:00:00 15.295131 15.295131 17.899849
2021-01-03 17:00:00 26.571429 26.571429 18.263838
2021-01-02 17:00:00 20.070423 20.070423 17.914439

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-08 17:00:00 11.343284 11.343284 9.538791
2021-01-07 17:00:00 8.640407 8.640407 9.727828
2021-01-06 17:00:00 6.601467 6.601467 9.467186
2021-01-05 17:00:00 4.093567 4.093567 9.263011
2021-01-04 17:00:00 16.141732 16.141732 9.205286
2021-01-03 17:00:00 9.326425 9.326425 9.086238
2021-01-02 17:00:00 11.170213 11.170213 8.940206

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-08 17:00:00 39.277108 39.277108 44.719254
2021-01-07 17:00:00 45.739130 45.739130 44.579521
2021-01-06 17:00:00 58.287796 58.287796 43.947479
2021-01-05 17:00:00 64.069264 64.069264 43.799259
2021-01-04 17:00:00 11.708861 11.708861 42.919670
2021-01-03 17:00:00 51.891892 51.891892 42.076993
2021-01-02 17:00:00 36.595745 36.595745 39.892192

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-08 17:00:00 49.689441 112.732919 51.536460
2021-01-07 17:00:00 44.155844 44.155844 50.510736
2021-01-06 17:00:00 46.666667 46.666667 49.072786
2021-01-05 17:00:00 52.655889 52.655889 47.674309
2021-01-04 17:00:00 58.308157 58.308157 46.249311
2021-01-03 17:00:00 33.766234 33.766234 45.857562
2021-01-02 17:00:00 93.548387 30.933333 44.729425

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-08 17:00:00 26.970954 26.970954 36.297711
2021-01-07 17:00:00 41.711674 41.711674 37.035005
2021-01-06 17:00:00 34.489917 34.489917 37.071947
2021-01-05 17:00:00 39.777618 39.777618 37.348971
2021-01-04 17:00:00 36.647494 36.647494 37.218177
2021-01-03 17:00:00 42.078365 42.078365 37.077562
2021-01-02 17:00:00 43.127490 43.127490 36.989669

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-08 17:00:00 27.181140 52.480062 35.433634
2021-01-07 17:00:00 24.820552 24.820552 35.750397
2021-01-06 17:00:00 43.710257 43.710257 35.406119
2021-01-05 17:00:00 23.810573 23.810573 34.611321
2021-01-04 17:00:00 25.300722 25.300722 33.920064
2021-01-03 17:00:00 38.982355 38.982355 33.258933
2021-01-02 17:00:00 17.400101 17.400101 33.250360

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-08 17:00:00 10.066280 10.066280 12.943117
2021-01-07 17:00:00 19.417476 19.417476 12.865518
2021-01-06 17:00:00 13.426854 13.426854 12.436141
2021-01-05 17:00:00 9.535553 9.535553 11.996168
2021-01-04 17:00:00 11.397296 11.397296 11.876951
2021-01-03 17:00:00 15.532426 15.532426 11.685489
2021-01-02 17:00:00 15.632754 15.632754 11.376668

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-08 17:00:00 28.998741 28.998741 27.607359
2021-01-07 17:00:00 28.711485 28.711485 27.616515
2021-01-06 17:00:00 28.873720 28.873720 27.144723
2021-01-05 17:00:00 25.055644 25.055644 26.595848
2021-01-04 17:00:00 28.668590 28.668590 26.035296
2021-01-03 17:00:00 27.567141 27.567141 25.508375
2021-01-02 17:00:00 24.026187 24.026187 25.305158

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-08 17:00:00 16.436364 16.436364 16.025780
2021-01-07 17:00:00 22.218521 22.218521 16.205181
2021-01-06 17:00:00 9.980573 9.980573 16.129778
2021-01-05 17:00:00 13.041796 13.041796 15.929163
2021-01-04 17:00:00 18.912387 18.912387 15.877224
2021-01-03 17:00:00 13.206845 13.206845 15.823286
2021-01-02 17:00:00 25.369333 25.369333 15.936549

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-08 17:00:00 17.842324 17.842324 17.701081
2021-01-07 17:00:00 43.537415 6.570842 18.520254
2021-01-06 17:00:00 24.282715 24.282715 19.657002
2021-01-05 17:00:00 20.892857 20.892857 19.984951
2021-01-04 17:00:00 25.000000 5.535623 20.603469
2021-01-03 17:00:00 24.105012 24.105012 20.956449
2021-01-02 17:00:00 51.546392 51.546392 20.673262

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-08 17:00:00 28.089888 28.089888 21.571344
2021-01-07 17:00:00 36.666667 36.666667 21.628859
2021-01-06 17:00:00 14.606742 14.606742 21.096375
2021-01-05 17:00:00 4.827586 15.217391 19.993593
2021-01-04 17:00:00 6.053812 21.862348 19.992651
2021-01-03 17:00:00 7.592191 28.000000 19.772671
2021-01-02 17:00:00 2.167183 21.794872 20.078636

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-08 17:00:00 72.346786 72.346786 73.476408
2021-01-07 17:00:00 69.649429 69.649429 73.855166
2021-01-06 17:00:00 69.653456 69.653456 74.051211
2021-01-05 17:00:00 72.620419 72.620419 74.121785
2021-01-04 17:00:00 80.826526 75.425875 74.580171
2021-01-03 17:00:00 78.615774 78.615774 75.055147
2021-01-02 17:00:00 82.745098 82.745098 73.793064

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 25.196850 25.196850 27.598324
Basilicata 0.274552 43.550624 30.862423
Calabria 15.314927 15.314927 14.446681
Campania 20.949542 20.949542 18.876762
Emilia-Romagna 52.953476 52.953476 45.680767
Friuli Venezia Giulia 43.565038 43.565038 40.470256
Lazio 33.950747 33.950747 29.853595
Liguria 27.932961 27.932961 31.550923
Lombardia 30.619248 30.619248 33.028840
Marche 14.722005 14.722005 16.741155
Molise 11.343284 11.343284 9.538791
P.A. Bolzano 39.277108 39.277108 44.719254
P.A. Trento 49.689441 112.732919 51.536460
Piemonte 26.970954 26.970954 36.297711
Puglia 27.181140 52.480062 35.433634
Sardegna 10.066280 10.066280 12.943117
Sicilia 28.998741 28.998741 27.607359
Toscana 16.436364 16.436364 16.025780
Umbria 17.842324 17.842324 17.701081
Valle d'Aosta 28.089888 28.089888 21.571344
Veneto 72.346786 72.346786 73.476408

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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